-Dopo aver aperto l'immagine, clicca in alto su Immagine -> Metodo -> Colore RGB.
-Successivamente rinomina il livello (come vuoi), imposta come metodo di fusione "moltiplica" e infine blocca il livello cliccando sull'icona a forma di lucchetto.
-Crea un altro livello su cui potrai colorare come ti pare e piace.
Il livello bloccato "quello dell'immagine" deve sempre stare sopra tutti gli altri (se vuoi sovrascrivere sui neri puoi sempre sbloccarlo momentaneamente).
Per comodità puoi creare un livello per ogni parte che colori (pelle, capelli, vestiti, ecc.).
Ho messo un'immagine per comodità, così se c'è qualcosa che non hai capito è più comodo da spiegare.
(Ho dato per scontato che usi PhotoShop)